Năm 1780, nhà thám hiểm người Pháp là Geoffroy phát hiện ra khỉ Aye-Aye lần đầu tiên, ông ta còn tưởng đó chỉ là loài sóc và xếp chúng vào loài gặm nhấm. Mãi cho tới năm 1860, sau khi giải phẫu giám định, ông này mới xác định đó là một loài linh trưởng phát triển. Một số nhà khoa học cho rằng, chúng là một loài thuộc họ vượn cáo. Daubentonia được Étienne Geoffroy Saint-Hilaire theo tên tên thầy giáo mình, là nhà tự nhiên học người Pháp Louis-Jean-Marie Daubenton, năm 1795. Ban đầu Geoffroy sử dụng tên gốc Hy Lạp Scolecophagus ("[thú] ăn giun") để chỉ hành vi ăn uống của nó, nhưng rồi quyết định không đặt tên này vì lúc đó vẫn chưa chắc chắn về hành vi của chúng và có thể còn các loài liên quan chưa được phát hiện ra.[5] Năm 1863, nhà động vật học người Anh John Edward Gray đặt ra tên họ Daubentoniidae.[6]

Nhà tự nhiên học người Pháp Pierre Sonnerat là người đầu tiên dùng tên thông thường "aye-aye" năm 1782 khi ông mô tả và minh họa loài này, dù nó cũng được gọi là "long-fingered lemur" (vượn cáo ngón tay dài) bởi nhà tự nhiên học người Anh George Shaw năm 1800. Theo Sonnerat, cái tên "aye-aye" là một "cri d'exclamation & d'étonnement" (âm thanh của tiếng kêu và sự kinh ngạc). Tuy nhiên, nhà cổ nhân loại học người Mỹ Ian Tattersall ghi nhận vào năm 1982 rằng cái tên này làm liên tưởng đến từ "hai hai" hoặc "hay hay" trong tiếng Malagasy. Theo Dunkel et al. (2012), sự phổ biến của tên tiếng Malagasy này cho thấy "aye-aye" không thể do Sonnerat nghĩ ra. Một giả thuyết khác đề xuất bởi Simons và Meyers năm 2001 là rằng nó bắt nguồn từ "heh heh", trong tiếng Malagasy nghĩa là "tôi không biết". Nếu đúng, tên này nhiều khả năng do người Malagasy nói "heh heh" để tránh nhắc đến tên của sinh vật mà họ cho là huyền bí này.[5]